O Panteão Patriarcal está instalado na antiga sala do capítulo. Era aqui que os cónegos regrantes se reuniam diariamente e decidiam sobre a vida material e espiritual no Mosteiro. A sua designação deve-se ao facto de, no início de cada sessão, ser lido um capítulo da Regra da Ordem.

Após a Extinção das Ordens Religiosas em Portugal (1834), a sala teve diferentes ocupações, funcionando aqui, nomeadamente, o arquivo do Ministério da Justiça. O Panteão Patriarcal está instalado neste espaço desde 1955.

O Patriarcado de Lisboa foi criado em 1716 pelo Papa Clemente XI, após o êxito diplomático e pedido do rei D. João V. Os Cardeais-Patriarcas de Lisboa encontram-se aqui sepultados, com exceção dos primeiros cinco.