O Panteão Real dos Bragança está instalado no local onde, até à Extinção das Ordens Religiosas (1834), funcionou o refeitório do Mosteiro. Aqui os cónegos regrantes tomavam as suas refeições em silêncio, a escutar as leituras sagradas.

O fundador da quarta dinastia, D. João IV (1604-1656), escolheu este Mosteiro para acolher o panteão da sua família. Este ato político teve como objetivo reafirmar a sua legitimidade ao trono, procurando assim associar-se ao primeiro rei de Portugal, que mandou erguer o Mosteiro. O seu túmulo, em mármore, encontra-se à entrada do panteão, do lado direito. Inicialmente o Panteão dos Bragança estava localizado na igreja, e este túmulo encontrava-se na capela-mor, debaixo do Sacrário.

Em 1854, após a morte de D. Maria II, o seu viúvo D. Fernando II ordena a transferência do panteão real para o antigo refeitório. No entanto, a configuração atual do espaço resulta de uma reformulação executada durante o Estado Novo em 1933, cujo arquiteto foi Raul Lino.

Ao centro, em destaque, encontram-se os túmulos da última família real portuguesa. A escultura central, da autoria de Francisco Franco, foi intitulada de Dor, e é uma figura feminina que chora a morte de D. Carlos e D. Luís Filipe, ambos assassinados no Regicídio de 1908. Este foi o anúncio do fim da Monarquia, que terminou em 1910.

Junto à entrada do panteão está a imagem da Nossa Senhora da Conceição, Padroeira e Rainha de Portugal, e também da Casa de Bragança.