Era nesta divisão que os cónegos regrantes guardavam os seus paramentos e demais alfaias litúrgicas, e se preparavam para as cerimónias religiosas.

Como é habitual, a sacristia está situada junto à igreja, no entanto aqui de uma forma muito original no contexto português: inserida entre dois claustros. A sacristia e o respetivo portal foram executados na 1.ª metade do séc. XVIII, e estão atribuídos ao arquiteto Luís Nunes Tinoco. No interior, as paredes estão ricamente revestidas de mármores policromos embutidos, dignificando assim o espaço.

Encontram-se também: dois grandes arcazes de jacarandá (proveniente do Brasil), o busto em relevo de D. João V, bustos de bispos e um altar onde consta uma magnífica pintura de André Gonçalves intitulada Nossa Senhora e Santos (c.1760), em óleo sobre tela.

O teto, posterior ao terramoto de 1755, é pintado a óleo sobre tela colada em madeira. Ao centro está a representação do Agnus Dei (Cordeiro de Deus) e nos medalhões laterais encontra-se iconografia relacionada com o Mosteiro.

Sob o pavimento foram encontrados túmulos antropomórficos, do séc. XII, onde muito possivelmente foram sepultados os cavaleiros da Segunda Cruzada que auxiliaram D. Afonso Henriques, na conquista de Lisboa.