É o ponto mais sagrado do complexo monástico. Foi mandada construir em 1147 por D. Afonso Henriques, logo após a conquista de Lisboa, exatamente no local onde se encontrava instalado um dos acampamentos dos cruzados. São Vicente, padroeiro da cidade, surge como orago principal do templo.

Afirmando politicamente a nova dinastia, D. Filipe I de Portugal (II de Espanha) encomenda a imponente reconstrução deste monumento, que se encontrava em mau estado de conservação, tornando-o num dos primeiros exemplos do Maneirismo no país.

No terramoto de 1755, a abóbada da igreja, a sua magnífica cúpula, a cabeceira e o transepto ficaram destruídos. O templo foi de seguida reparado e nele foi estabelecida a Patriarcal (1772/3-1792), para a qual foram realizadas duas admiráveis obras: o monumental baldaquino (por Joaquim Machado de Castro) e o órgão histórico, completamente revestido por talha dourada.

Em 1910 a igreja foi declarada Monumento Nacional.